Rūta Lipinaitytė estudió en la Academia de Música de Lituania. Los estudios en Lituania los combinó con los estudios en la Academia de Música de Malmö en Suecia en la clase de violín del profesor Alexander Fischer, y más tarde, en el Conservatorio de Música y Danza de París en la clase de violín de Boris Garlitzky.
La violinista es el ganadora de varios concursos nacionales e internacionales de violín y música de cámara. Fue la ganadora del 3r Premio en el Concurso Internacional Jascha Heifetz y en el Concurso Internacional “Remember G.Enescu” de Bucarest, así como el 2º Premio en el Primer Concurso Internacional de Dúo de Suecia y la Academia de Orcas del Festival de Música de Schleswig-Holstein. En 1998, Rūta Lipinaitytė recibió una beca de la Yamaha Music Foundation of Europe.
Como solista, ha actuado con numerosas orquestas como la Orquesta de Dresden, la Filarmónica de Qatar, la Sinfónica de la Radio Croata, las Orquestas Sinfónicas Nacionales de Lituania y la Orquesta de Cámara Kremerata Baltica, entre otras.
Rūta Lipinaitytė fue miembro de la orquesta ganadora de un Grammy Kremerata Baltica, establecida y dirigida por Gidon Kremer, desde su fundación en 1998 hasta 2014. En 2004-2009 la violinista fue miembro del conjunto de cámara “Kremerata Baltica sextet”, que participó en numerosos festivales y conciertos realizados en todo el mundo. Además, Rūta Lipinaitytė interpretó música de cámara en salas de conciertos de varios países junto con G.Kremer, T.Grindenko, M.Fedotova, A.Mustonen, A.Posch, P.Sadlo, J.Khoury y F.El -Hage, entre otros. Desde 1996 la violinista está preparando programas de música de cámara con el pianista Indrė Baikštytė.
Desde 2012, Lipinaitytė es profesora de violín y jefa del Departamento de Cuerda de la Academia de Música y Teatro de Lituania.