Después de conseguir el primer premio del Conservatorio Nacional de la Región de París en la clase de Jean-Claude Jaboulay en 1996, Fabien Thouand estudió con Jacques Tys y Jean-Louis Capazzali en el Conservatorio Nacional Superior de Música de París, donde ganó por unanimidad el primer premio en el año 2000. En 2001 se matriculó en la clase de perfeccionamiento del profesor Maurice Bourgue en el mismo centro, consiguiendo en ese mismo año el segundo premio en el Concurso Internacional de Primavera de Praga y el tercer premio en el Concurso Internacional José Tomassini de Petritolio. En mayo de 2002 logró el tercer premio en el Concurso Internacional de Instrumentos de Viento de Toulon.
Su carrera se desarrolló inicialmente en Francia pero más tarde por toda Europa, tocando con diferentes orquestas y grupos de cámara, siendo el primer oboe de la Orquesta del Teatro de la Monnaie de Bruselas, la Ópera de Lyon, la Bamberger Symphoniker, la Camerata de Salzburgo, la Bayerischen Rundfunk Orchester, la Deutsches Symphonie-Orchester de Berlín y la Orquesta Sinfónica de Londres, entre otras. En 2004 ganó la plaza de primer oboe en la Orquesta de la Scala de Milán, puesto que todavía mantiene.
Ha tocado bajo la batuta de directores de renombre Internacional como Riccardo Muti, Claudio Abbado, Daniel Barenboim, Lorin Maazel, Zubin Mehta, Yuri Termikanov, Kurt Masur, Charles Dutoit y Valery Gergiev, entre otros.
Tras convertirse en el asistente de Jean-Louis Capezzali y Gérome Guichard en el Conservatorio Nacional Superior de Música de Lyon, se convirtió en el profesor de oboe en el Conservatorio de Lugano y en el Royal College of Music de Londres.
