Sergi Zauner es va doctorar en Musicologia per la Universitat Autònoma de Barcelona amb una tesi sobre música litúrgica hispànica del Renaixement. Després d’una breu etapa com a professor a la UAB, va desenvolupar gran part de la seva carrera acadèmica com a investigador contractat a la Universität des Saarlandes (Saarbrücken, Alemanya). Actualment imparteix docència en música a l’Institut de Litúrgia de Barcelona ad instar Facultatis i a ESADE–Universitat Ramon Llull. És col·laborador del Instituto Cultura y Sociedad (ICS) de la Universitat de Navarra i membre de la Societat Catalana d’Estudis Litúrgics (Institut d’Estudis Catalans).
La seva activitat investigadora s’ha centrat en l’estudi de la música litúrgica des de l’edat mitjana fins a l’època moderna, amb una atenció especial a les pràctiques interpretatives, la relació entre música i discurs i la construcció d’experiències sonores en contextos rituals, des d’un enfocament que incorpora perspectives dels sound studies. Ha participat en nombrosos congressos i trobades científiques d’àmbit nacional i internacional, publicant els resultats de la seva recerca en revistes especialitzades i volums col·lectius. Ha realitzat tasques de descripció i catalogació de manuscrits musicals medievals i ha participat en diversos projectes d’investigació finançats, com Computergestützte Analyse harmonischer Strukturen (Universität des Saarlandes – Universität Erlangen-Nürnberg), Le Lexique musical de la Renaissance (Centre d’Études Supérieures de la Renaissance, Tours) i Prácticas interpretativas en las catedrales hispanas (1563–1833) (Universidad de Navarra).
Combina la recerca acadèmica amb la divulgació i l’assessorament musicològic en l’àmbit de la interpretació històrica. Ha col·laborat amb conjunts especialitzats, aportant criteris contextuals i interpretatius per a la recuperació de repertori, i amb festivals elaborant programes de mà. Així mateix, ha publicat articles de reflexió i divulgació amb l’objectiu de fer arribar els reptes de la recerca musical a un públic més ampli. La seva mirada, de caire interdisciplinari, s’interessa per explorar i explicar la música com a vehicle de construcció de significat i de vincle cultural.