Criat en la conca del Ruhr i al costat del llac Constança, va descobrir el contrabaix amb tretze anys. Després de completar els seus estudis secundaris, va estudiar a Frankfurt del Main i posteriorment va obtenir una beca en la recentment fundada Acadèmia de l’Orquestra Simfònica de la Ràdio de Baviera sota la direcció de Lorin Maazel. A Ginebra va completar els seus estudis amb Franco Petracchi, obtenint el Diplôme de Soliste.
Des de 2004 és solista de contrabaix de l’Orquestra Simfònica de la Ràdio de Baviera a Múnic i ha actuat en múltiples ocasions com a solista amb la seva orquestra sota la direcció de l’antic director titular Mariss Jansons.
Com a músic de cambra, Philipp Stubenrauch és membre de diversos conjunts i ha actuat amb Maria João Pires, Valery Afanassiev, Baiba Skride i Maximilian Hornung, entre altres. Juntament amb Wen-Sinn Yang i Hariolf Schlichtig, va gravar un CD molt aclamat amb noves obres de música de cambra de Sofia Gubaidulina.
Compromès amb la formació de joves talents, des de fa més de vint anys, és professor de la secció de contrabaixos de l’Orquestra Juvenil Estatal de Baviera i professor en l’Acadèmia de l’Orquestra Simfònica de la Ràdio de Baviera. Imparteix classes magistrals en nombroses universitats d’Europa i Àsia i, des de 2023, és docent de la Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Stuttgart.

