Després d’aconseguir el primer premi del Conservatori Nacional de la Regió de Paris a la classe de Jean-Claude Jaboulay al 1996, Fabien Thouand va estudiar amb Jacques Tys i Jean-Louis Capazzali al Conservatori Nacional Superior de Música de Paris, on va guanyar per unanimitat el primer premi a l’any 2000. Al 2001 va matricular-se a la classe de perfeccionament del professor Maurice Bourgue al mateix centre, aconseguint en aquell mateix any el segon premi al Concurs Internacional de Primavera de Praga i el tercer premi al Concurs Internacional José Tomassini de Petritoli. Al maig de 2002 va aconseguir el tercer premi al Concurs Internacional d’Instruments de Vent de Toulon.
La seva carrera es va desenvolupar inicialment a França però més tard per tota Europa, tocant amb diferents orquestres i grups de cambra, sent el primer oboè de l’Orquestra del Teatre de la Monnaie de Brusel·les, la Opera de Lyon, la Bamberger Symphoniker, la Camerata de Salzburg, la Bayerischen Rundfunk Orchester, la Deutsches Symphonie-Orchester de Berlín i l’Orquestra Simfònica de Londres, entre d’altres. Al 2004 va guanyar la primera plaça de primer oboè a l’Orquestra de la Scala de Milan, lloc que encara manté.
Ha tocat sota la batuta de directors de renom Internacional com Riccardo Muti, Claudio Abbado, Daniel Barenboim, Lorin Maazel, Zubin Mehta, Yuri Termikanov, Kurt Masur, Charles Dutoit i Valery Gergiev, entre d’altres.
Després de convertir-se en l’assistent de Jean-Louis Capezzali i Gérome Guichard al Conservatori Nacional Superior de Música de Lyon, es va convertir en el professor d’oboè al Conservatori de Lugano i al Royal College of Music de Londres.